专业咨询
致力推进中国医疗卫生信息化

【张林专栏】LOINC映射十大技巧

来源:HIT专家网     编译:张林

【开栏语】张林所更新维护的LOINC(Logical Observation Identifiers Names and Codes,观测指标标识符逻辑命名与编码系统)中文版已经被美国国立医学图书馆的一体化医学语言系统(Unified Medical Language System,UMLS)所收录,他应邀在HIT专家网开设专栏,此文是翻译LOINC专家Daniel Vreeman的一篇文章,从LOINC最佳实践方法的角度上,概括总结了LOINC映射的十大技巧。

全美以患者为中心临床研究网络(National Patient-Centered Clinical Research Network,PCORnet)邀请我做关于一些LOINC最佳实践(best practices)的网络研讨会报告。在这次讲演中,我分享了关于LOINC映射的五项技巧。但是,为啥满足于就这五项呢?我要对此加以扩充,形成了LOINC映射十大技巧。我很想包括的领域特异性技巧数不胜数,而眼下我所编写和维护的这份清单针对的只是宏观的考虑和高层次的战术技巧。

关于PCORnetLOINC的更多详情

在PCORnet范围内,临床数据研究网络(Clinical Data Research Networks,CDRNs)是由若干作为参与方的医疗系统(health systems)构成。这些医疗系统作为一个网络,共同合伙开展研究工作。印第安纳大学则是PCORnet大平原协作网络(Greater Plains Collaborative,GPC)的组成部分。参与机构正在将各自的数据转换为统一的公共数据模型(common data model)。因为统一的组织架构和定义,拥有共同格式的健康数据,可使这些网络能够更为快速地分析数据,支持已在使用之中的不同平台,以及更好地对其数据加以比较。

明智的就是,PCORnet公共数据模型采用了包括LOINC在内的标准术语集。

1、不是啥都值得一试(Not all juice is worth the squeeze。不能胡子眉毛一把抓。在数据标准(data standards)方面,帕累托法则(Pareto principle)要比长尾原理(Long Tail principle)更为实用。为数不多的检验项目占据了大多数的结果数据量。而且,30%的检验项目会花费您70%的映射时间(不过,反之也亦然)。因此,请记住,并不是您全部的变量(结果指标/检验指标)都会获得相应的LOINC代码。(技巧提示:假如并不是作为结果发送至病历,也许它就不会获得相应的LOINC代码)。因此,首先请将自己的最终目的牢记在心(通过映射至LOINC,我当前所试图达成什么),然后,利用RELMA或在线搜索loinc.org之中的常见试验检验项目“Common Labs”限制条件,将程序所返回的搜索结果限制为常见检验项目。

2、让合适的人员参与进来(Get the right people involved。就准确无误的映射工作而言,最为重要的方面就是清楚地了解,究竟当前的检验项目真正检测的是什么。在映射工作中,临床方面的挑战和难题要远多于信息技术方面。最佳的方案就是,对于其所试图映射的检验项目和测量指标的领域,LOINC映射人员具备合适的临床知识。对于某些检测指标,即使是经验丰富的多面手也会需要领域专家(domain-specific experts)的协助。因而,必要时,应当确保求助于此类的专业经验以及信息技术部门/科室的支持。

3、溯流而上(Go upstream。如果贵方向参比实验室(reference lab)或外包实验室(referral lab)递送任何的检验项目的话,可向他们索取适合于相应外送检验项目的LOINC代码。大多数此类实验室都已经与LOINC进行了映射,而且,其中的许多实验室还在其出站HL7消息流(outbound HL7 message streams)之中提供LOINC代码。对于内部检验项目(in-house tests),则可询问设备或试剂盒的生产商。如今,许多的厂商都常规地向客户提供适合于其检验项目的LOINC代码映射关系(mappings)。必要时,很多甚至还会向Regenstrief研究院申请新增LOINC代码。因此说,在投入到映射工作当中之前,请首先查看一下这些原始资料,因为这样肯定会为您节约时间。

4、排除干扰(Ignore distractions,忽略分心之处)。正如国际互联网上的LOLcats或Facebook娱乐消遣[1]可能会大量耗费时间那样,没有人需要全部78,000+条LOINC代码。就大多数普通的实验室/检验科室而言,您很可能可以忽略掉几乎所有的刺激耐受试验(challenge tests)、兽医学检验项目(veterinary medicine tests)、深奥难懂的化学检验项目、为数众多的药物/毒理学术语(drug/tox terms),以及公共卫生检测工作(public health testing)中专用的试验项目。请学习掌握RELMA之中的映射技术/方法,以便在试图为您的检验项目找出正确的LOINC代码时,能够有助于隐藏掉此类术语。

5、切勿主观臆测(Don’t make assumptions。也就是说,千万不要猜测。实验室检验项目名称存在歧义乃是常事儿(比如,未明示标本、定量还是定性等等)。为了恰当地进行映射,您必须清楚关于所检测之物的详情。请勿猜测。否则,往往会搞错。本地专家和包装说明书(package inserts)都可能非常有用。计量单位(units of measure)对于定量型检验项目(quantitative tests)的映射至关重要,而结果取值示例(sample result values)则对于定性型检验项目(qualitative tests)的映射很关键。

6、只有当LOINC成分与所欲映射检验项目精确匹配时才予以映射(Map only if the LOINC Component is an exact match to yours。表面上可能看似“足够近似”匹配的很多东西,实际上根本不是一回事儿。示例绝不是匹配者,因此说,假如没有见到自己所需要的代码,可能您就不得不申请新增LOINC代码。

  • 禽痘病毒IgG ≠ 禽痘病毒抗体
  • 蓝舌病毒15型抗体 ≠ 蓝舌病毒抗体
  • 11-脱氧皮质醇.游离型 ≠ 11-脱氧皮质醇

7、留意标本(Care about the specimen。仅仅选择那些不明示标本的LOINC代码(即XXX型代码),可能会颇具诱惑力。但是,这样做,最终会使种类截然不同的结果归并在同一代码之下。LOINC建议,当属于常见标本或参考范围不同时,将检验项目映射至标本特异性的LOINC代码(specimen-specific LOINC code)。对于那些奇奇怪怪的标本,如伤口引流液、烧伤组织、皮脂、环境对象(environmental objects)等等,后组配型方法(post-coordinated approach)(也就是说,利用另一代码或位置来保存标本信息)也许没什么问题。

8、深入理解LOINC属性轴(Property axis。LOINC命名之中的属性乃是LOINC最富挑战性的组成部分之一。紧紧抓住某些微妙差异,将会有助于找到正确的LOINC代码。首先,对于定量型检验项目,应当掌握计量单位与LOINC属性的联系情况。然后,查阅《LOINC用户指南》,了解如何区别类似的属性+精度组合(Property + Scale combinations),比如,存在与否或特征标识/名义型(Prid/Nom)、类型/名义型(Type/Nom)、标识符/名义型(ID/Nom)或任意型浓度/序数型(ACnc/Ord)、阈值/序数型(Thresh/Ord)以及存在情况/序数型(Pr/Ord)。

9、随时关注更新(Stay up to date。LOINC建议用户在LOINC最新版本发布后90天之内完成更新。关于这方面的详细论述,请参阅我之前的帖子

10、获取可靠朋友的帮助(Get some help from trusted friends。LOINC高级会员计划(LOINC Premium Membership Program)所提供的映射有效性检查程序(Mapping Validity Checker)有着巨大的价值,可有助于确定潜在的错误映射关系(mis-mappings)。我向您强烈推荐此工具。同时,请您继续关注我即将出版的《LOINC精要(LOINC Essentials)》一书。在这本书中,我会介绍更多的提示与技巧,包括更为详尽的内容问题。

特别建议:切勿在映射时“舍弃”信息(Don’t ever “throw away” information when mapping。颇具诱惑的就是,试图通过仅仅映射至无方法型LOINC术语(methodless LOINC terms,即命名之中没有明示方法类型的LOINC代码),来简化映射过程。一般而言,无方法型术语的确是个不错的选择。但是,数据合并(data consolidation,数据归并,数据整合)存在着单向作用(unidirectional effect),那就是,一旦指定了更为广义的映射关系,就无法轻松地回头。与此相反,在映射至LOINC代码时,如果保留本地名称(local name)之中已有的粒度水平(level of granularity),那么,就可以利用LOINC之中的结构化命名(structured naming)机制,进行各种各样的泛化处理(roll-ups,归并,归类,上卷,上滚)。这种方法要稳健得多。

好啦,这些就是我关于LOINC映射工作最重要的技巧。在着手开始LOINC映射(LOINCing)时,请将这些技巧谨记在心,这样,就会有助于避免常见的误区和不准确的映射。

随时跟上最新的LOINC发布版本

在2015年12月份的实验室LOINC委员会会议(Laboratory LOINC Committee meeting)上,我们所提出的重要主题就是,关于随时跟上最新LOINC发布版本的最佳做法(best practices,最佳实践方法,最佳方法,最佳规范)。

我们讨论了那些指定具体LOINC版本的法律法规的意外后果。规章制定过程(rule-making process)要求具体明示的版本。因此,规章制定者只能指定最新版本,但却无法指定尚不存在的版本。在有效利用计划认证规范(Meaningful Use Certification rules)当中,ONC建立了允许更新至最新版本的具体条款。然而,一些(但数量很多)公司和机构虽采纳了规定所要求的版本,但却没有随着每6个月发布一次的新版本而进行更新,因为并没有要求他们这么做。

期间,我们还讨论了几项实施难题,诸如维护成本以及那些在发送方与接收方采用不同版本的LOINC之时所出现的问题。

最终,委员会一致投票通过了如下最佳实践

我们建议用户在LOINC最新版本发布后90天之内完成更新。

即将发布的《LOINC用户指南(LOINC Users’ Guide)》之中将会收录这项最佳实践(best practice)建议。

升级进行中。(图片来源:Arul Irudayam.)

升级进行中。(图片来源:Arul Irudayam.)

至于为何更新至最新LOINC发布版本是个好办法的原因有很多;而且,应当将其纳入到词表维护规范(vocabulary maintenance practice,词表维护实践,词表维护工作)当中。如下是其中的几个原因。

1、最新发布版本始终是我们有史以来最佳的发布版本LOINC遵循着良好的术语集编制原则(terminology development principles)。这就意味着,绝不会从LOINC数据库之中删除LOINC代码,而且,每条代码的含义也绝不会随时间而发生变化。因此,所有曾经存在的LOINC代码都存在于最新发布版本当中。随着时间的推移以及每次的发布版本,我们都会添加新的术语和附属内容,并进行必要的修订。例如,当我们发现无意中收录了两条命名稍有差异但含义却完全相同的代码时,就会废弃(退役,但不是实际删除)其中之一,并为其添加用于指向首选术语的指针。

2、世界的发展日新月异(The world moves fast。体外诊断检测行业(in vitro diagnostic testing industry)也在不断地创新。自1994年(LOINC元年)以来,FDA每年所分类的新上市销售体外试验系统(in vitro test system)分析物指标(analyte measures)平均约有2,000项之多(资料来源:CLIA下载数据)。在最近十年里,半年一次的发布版本平均新增术语约1,800条。LOINC将继续拓展对于新增临床领域(放射医学操作项目< radiology procedures >、临床文档< clinical documents,临床医疗文书 >、患者自报型结局指标< patient reported outcomes measures >等等)以及遗传学之类新增实验室检测领域的覆盖。为了跟上最新的临床实践,需要备有相应的计划,以便用来定期更新所采用的LOINC之类的标准词表。

3、标准化数据潜在效益的最大化(Maximize the potential benefit of standardized data。如果接收多个来源的数据的话,相对于采用LOINC版本较新的信息系统而言,您就会丧失让自己的信息系统有效处理任何来源数据的机会。如果正在将LOINC代码用于质量改进或决策支持目的,您就会面临类似的,失去与他人所编制的取值集合(value sets)或其他规则保持同步的风险。

关于随时跟上最新LOINC发布版本的技巧提示

毫无疑问,针对LOINC之类标准词表的映射关系的持续维护,可能是一项富有挑战性的工作。这项工作的复杂程度取决于很多因素,包括本地字典(local dictionary)规模有多大、您的信息技术工具的先进程度(sophistication)以及主题领域专业经验(expertise)等等。如下是几个快速窍门旨在保证,每当6月份和12月份LOINC出新版本的时候,您都能做到准备就绪。

1、加入LOINC邮件列表(LOINC mailing listLOINC每年发布两次新版本(6月份和12月份)。只要一发布,就会将关于LOINC新版本发布的公告发送到邮件列表。这样,您就不必每半年去查看一次LOINC网站。或者,亦可关注LOINC的推特账号@LOINC on twitter。

2、跻身高级会员(Go Premium,成为高级会员)。尤其当您是位高手之时,就应当考虑获得LOINC高级会员资格(LOINC premium membership)。这样,您就能利用脚本(或者,至少很快地)下载最新发布版本。简短的一个curl命令(curl command),砰的一下,即可获得最新发布版本,就是这么简单。同时,高级会员资格亦可让您在自己的收件箱中获得版本间变更文件(release-to-release change file)。而且,如果下载RELMA的话,亦可从会员站点获得我们最快的下载速度。

3、利用RELMA找出那些已映射至现已废弃的LOINC代码的项目。每个发布版本之中都含有许多已经废弃的术语(平均约占2%,或1700条术语)。当废弃术语时,LOINC团队都会尽可能确定出相应的一条或多条替代术语(replacement term)。对于用户应当在两条可能的替代术语之间进行选择的情况,我们还收录了关于如何在其间加以选择的说明。如果您已经使用RELMA,将本地代码映射到了LOINC代码之上,则可以利用此软件来找出那些已映射至废弃型(deprecated)或劝弃型(Discouraged,不鼓励使用型)LOINC代码的本地术语。RELMA的专用窗口(“Find Local Terms Mapped to Deprecated LOINCs”,即“查找已映射至废弃型LOINC代码的本地术语”)可确定出那些已经废弃或劝弃的代码映射关系,并为您显示用于采用替代术语来更新这些映射关系的选项。

未来发展方向

在此次LOINC委员会会议上,我们还讨论了Regenstrief研究院是否值得编制“核心版”LOINC数据表和“完整版”LOINC数据表。主要的想法就是,核心表之中仅仅备有LOINC术语的基本定义字段(essential defining fields),而完整表则同时还备有全部其他辅助的“元数据”。因为其中的字段更少且更稳定,核心表则更不可能随着时间而发生结构上的变化。根据具体的用例,那些将完整LOINC数据表导入到其系统之中的实施者则可以通过运用这样一张核心表,来简化这一过程。

假如您对此感兴趣,请确保加入LOINC邮件列表,因为我们很快就会在此列表当中发出一份关于这张核心表之中究竟应当包括什么的调查表。

【附:英文链接】

英文标题:Top 10 Tips for Mapping to LOINC – Daniel Vreeman

英文链接:https://danielvreeman.com/top-10-tips-for-mapping-to-loinc/

英文标题:Staying up to date with new LOINC releases – Daniel Vreeman

英文链接:https://danielvreeman.com/staying-up-to-date-with-new-loinc-releases/

【知识共享协议】

本作品采用知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议进行许可。

【原文作者】丹尼尔·弗里曼(Daniel J. Vreeman)9

Biomedical Informatics researcher, physical therapist, LOINC leader, healthcare standards aficionado, father, musician, geek.

生物医学信息学研究员、理疗师、LOINC领导者、医疗保健标准发烧友、父亲、音乐人、极客

【张林简介】

张林,就职于白求恩国际和平医院,是中国卫生信息学会卫生信息标准化委员会常委、LOINC终身荣誉高级会员。长期关注医学术语标准化并坚持从事LOINC(观测指标标识符逻辑命名与编码系统)和UCUM(计量单位统一代码)等术语标准的本地化与推广普及工作。 

赞(1)

评论 抢沙发

评论前必须登录!

 


未经允许不得转载:HIT专家网 » 【张林专栏】LOINC映射十大技巧
分享到: 更多 (0)