应对基因组大数据时代：第三届华大基因生物信息软件及数据发布会成功举行

来源：HIT专家网   供稿：深圳华大基因研究院

2012年11月28日，第三届华大基因生物信息学软件及数据发布会在香港九龙成功召开。在本次发布会上，华大基因发布了其关于海量基因组数据分析、管理和传播的最新软件及流程，例如SOAPhecate v2.5和SOAPgaea，以及最新升级的基于云计算的生物信息分析平台“EasyGenomics”等。此外，大数据期刊《GigaScience》也推出了其数据库GigaDB的升级版本及最新开发的基于Galaxy工作流程的数据分析平台。

基因组学和新一代测序技术（NGS）引发了生命科学领域的一场巨大变革。随着DNA测序成本的不断下降，新一代测序技术产出的数据量正在以史无前例的速度增长着。在“基因组大数据”时代，处理、存储和共享如此海量的数据信息，已成为当前生命科学研究的重要瓶颈。

为了能够高效地处理海量基因组数据，华大基因充分利用分布式计算的优势，开发了一系列基于映射/化简框架的云计算软件，并搭建了高性能绿色云计算平台。其中，SOAP-Hecate和SOAP-Gaea是华大基因绿色云计算设施的重要组成部分，二者分别用于基因组的从头组装和重测序数据分析，都具有灵活且扩展性强等特点，并且已成功在临床和生物学研究中得以应用，具有快速、高效和低成本等优势。

华大基因的李艳向各位与会人员详细介绍了SOAPhecate和SOAPgaea这两款基于分布式集群的新一代测序数据分析软件。她指出：“这两款软件可以将第二代测序的数据分析任务分布到整个集群上完成，从而提高了集群的利用率和软件的灵活扩展性。这些软件的成功开发使得基因组组装避免了高内存服务器的使用，大幅度降低了基因组组装的成本。”

发布会上，华大基因生物信息产品部经理李艳介绍了最新版本的基因组组装工具SOAP-Hecate v2.5。她指出：“该软件不仅能够输出线性化序列，同时也是一种灵活度很高且便于使用的平台，可用于进行一些复杂和特殊基因组的研究。SOAP-Hecate v2.5的可扩展性使得研究人员可以通过选择不同的cluster大小来控制组装时间，其能够在两天之内完成一个人类基因组的组装工作。”

同时，李艳还介绍了SOAP-Gaea在遗传学研究中的应用。她指出：“新版本的SOAP-Gaea能够完全整合到计算流程之中，用于基因组变异检测，从而提高分析效率。目前，在癌症研究中使用SOAP-Gaea，能够使分析时间从两周缩短至两天。”